Отвечает Эпп Лумисте, присяжный адвокат, LEADELL Pilv Advokaadibüroo:

Согласно пункту 2 части 4 статьи 3 Закона о налоге с оборота (далее – закон), обязанное по налогу с оборота лицо должно исчислять налог с оборота со сделок и операций, указанных в части 1 статьи 1 настоящего закона, при получении услуг от занимающегося предпринимательской деятельностью иностранного лица, не зарегистрированного в Эстонии в качестве обязанного по налогу с оборота лица, и у которого нет в Эстонии постоянного места деятельности, посредством которого он занимается предпринимательством в Эстонии.

На основании предоставленной в вопросе информации можно заключить, что этот общий принцип в данном случае применим.

При налогообложении тут, однако, есть кое-какие отличительные особенности.  Если, например, услугу перевозки заказывают для перевозки товара, то тогда получатель услуги также может применить налог с нулевой ставкой. Оказываемая услуга перевозки для импорта товара, услуга организации перевозки товара, а также связанные дополнительные услуги, если расход названных услуг входит в облагаемую стоимость импортируемого товара, облагаются налогом с нулевой ставкой как поставщиком услуги, так и получателем, независимо от того, кто является получателем услуги. Данную услугу не показывают в отчетах об обороте внутри Сообщества.  

Если речь идет о международной перевозке товара, которая началась в России, то эту услугу можно классифицировать как перевозку, связанную с импортом.
Рекомендуем ознакомиться с пояснениями Налогово-таможенного департамента  по налогообложению услуг, опубликованными на его сайте.