Отвечает Кристьян Лунд, налоговый консультант, KPMG Baltics:

Из вашего вопроса следует, что изначальный счет от арендодателя содержал в себе налог с оборота. В зависимости от содержания заключенного между вами и вашим арендодателем договора, этот изначальный счет можно считать счетом предоплаты за аренду. Если это так, то у вас было право вычесть включенный в счет налог с оборота.

Поскольку все детали договора неизвестны, то можно лишь предположить, что внесенная в начале действия договора предоплата была использована для погашения задолженности за аренду, которая осталась непогашенной после окончания договора.

Основанием для возникновения задолженности, видимо, был счет за аренду, который арендодатель выставил и который не оплатили. Таким образом, получается, что за один и тот же период аренды было выставлено два счета, и оба содержали налог с оборота. То есть сумма платы за аренду была обложена налогом с оборота дважды. Если это на самом деле так, то кредит-счет был необходим для избежания уплаты налога с оборота за аренду дважды за один и тот же период.

Действительно, если налог с оборота был вычтен как на основании счета предоплаты, так и на основании счета за аренду, который остался неоплаченным, то по получении кредит-счета в августе 2019 года налог с оборота необходимо вернуть.

Так как на тот момент вы не являлись обязанным по налогу с оборота лицом, то у вас не было возможности скорректировать сумму налога с оборота к вычету в обычном порядке – то есть отразить кредит-счет в налоговом учете за текущий месяц и в графе 5 декларации об обороте. Вы могли бы задекларировать суммы с кредит-счета в графах 1 и 4 декларации об обороте.