Многие предприятия, в особенности именно малые предприятия, выразили свое недовольство новой обязанностью, поскольку проведение аудита отчета требует от малых предприятий слишком больших затрат. Кроме того, значительно повышается также и административная нагрузка. Таким образом, на первый план вышел вопрос о том, пропорциональна ли польза от аудита сопутствующим ему административной нагрузке и росту затрат предпринимателя.

Министерство окружающей среды разъяснило необходимость аудита тем, что сегодня регистр упаковки не дает корректный обзор объемов упаковки, выпущенных предприятием на рынок. Например, в 2011 году было задекларировано на 45% меньше объемов отходов упаковки, чем их было в реальности.

Предпринимателей интересовало также, какой будет цена аудита упаковки. По словам Ассоциации аудиторов Эстонии, точную стоимость трудно определить, так как все зависит от конкретного подряда. Аудиторы отметили, что сегодня основной проблемой является то, что у предприятий отсутствует достаточный внутренний контроль составления  отчета об упаковке, что затрудняет аудиторскую проверку. Чем сложнее аудиторская проверка и чем больше она требует времени, тем больше рабочих часов потребуется аудитору и тем выше будет цена. Были приведены также конкретные примеры в цифрах: средняя стоимость часа работы аудитора составляет 50 евро, и на проведение аудиторской проверки в среднем требуется примерно 16–40 часов.

Генеральный директор Торгово-промышленной палаты Майт Палтс заметил, что многие предприниматели недовольны новой обязанностью, поэтому необходимо как можно быстрее начать публичное обсуждение и взвесить также альтернативные варианты, такие, как, например, предложенное на встрече повышение критериев обязательности проведения аудита отчета об упаковке и совершенствование надзора, вплоть до отказа от обязанности проведения аудита.