Если гражданин Эстонии является резидентом Эстонии в смысле Закона о подоходном налоге, то да, подлежит. При налогообложении пенсии можно применять не облагаемый налогом доход, если вы еще не успели применить его в отношении другого полученного в Эстонии дохода.