По-прежнему в среду e-MTA можно войти, используя ID карту, мобильный ID и Smart-ID. Пользовавшиеся банковской ссылкой иностранные граждане, для аутентификации могут использовать eID государства Европейского Союза. Изменение так же коснется процесса заполнения деклараций о доходах. Теперь при переходе в среду e-MTA из онлайн-банка необходимо будет заново пройти процедуру аутентификации. 

Отказ от использования аутентификации с помощью банковской ссылки обусловлен вступившим в силу осенью 2018 года актом о внедрении eIDAS. Этот акт обязывает государства обеспечить гражданам ЕС трансграничный доступ к государственным электронным услугам с помощью решений eID. Эти решения должны быть так же или более безопасны, чем те, которые государства предлагают своим гражданам и резидентам.

Обязательным условием для предоставления государственных электронных услуг является оценка уровня гарантии. Средства аутентификации, которые можно использовать через банковскую ссылку помимо прочего включают собственные решения банка: PIN-калькулятор, пароль, биометрия и т.д. Однако эти решения не имеют оценки уровня гарантии. 

Поскольку аутентификация будет осуществляться через государственную службу аутентификации TARA, в начале января 2022 года изменится процедура входа в e-MTA с помощью Smart-ID. Это означает, что пользователи Эстонии по-прежнему смогут использовать Smart-ID, но при попытке входа в e-MTA они будут перенаправлены на государственную службу аутентификации tara.ria.ee. Но при этом TARA не предусматривает использование Smart-ID для пользователей Латвии и Литвы, которые в дальнейшем для аутентификации могут использовать только eID своего государства.