При покупке нового транспортного средства налог с оборота всегда уплачивает покупатель автомобиля, в данном случае эстонское предприятие. Таким образом, при продаже нового транспортного средства латвийская фирма применяет нулевую ставку налога с оборота, и, в случае если фирма является налогообязанным или ограниченным налогообязанным, покупатель в Эстонии должен учесть налог с оборота по принципу обратного налогообложения. Поскольку в случае внутрисоюзного приобретения нового транспортного средства применяются общие правила, касающиеся внутрисоюзного приобретения товара, то, согласно ч. 2 § 11 Закона о налоге с оборота (Käibemaksuseadus, KMS), вы должны декларировать приобретение нового транспортного средства 15-го числа месяца, следующего за месяцем получения товара, или в день представления счета за товар, если счет был представлен до вышеуказанной даты.
В описанной вами ситуации нельзя считать оборотом оплату счета на предоплату, так как при выставлении счета на предоплату в отличие от внутригосударственной ситуации не возникает оборота. Таким образом, у эстонского предприятия возникает внутрисоюзное приобретение и обязанность декларирования в соответствии с ч. 2 § 11 KMS только после реального получения нового транспортного средства или получения счета, связанного с отправлением товара, но не счета на предоплату. Поскольку в вашей ситуации приобретение еще не произошло (и не ясно, когда это произойдет), то нет возможности ответить, в каком отчетном периоде следует декларировать эту сделку.
Если новое транспортное средство приобретает лицо, не зарегистрированное в качестве обязанного по налогу с оборота, то оно должно в течение 10 календарных дней со дня доставки транспортного средства в Эстонию, но не позднее, чем ко дню регистрации транспортного средства, представить в Налогово-таможенный департамент документы, удостоверяющие приобретение транспортного средства, и оплатить налог с оборота (см. ч. 4 § 38 KMS).