В случае экспорта время возникновения оборота определяется на основании общего правила, то есть время возникновения оборота возникает либо тогда, когда товар отправляется внесоюзному лицу, либо когда поступают деньги (более раннее из них). Поскольку в данном случае товар был отправлен и отражен в декларации по НСО в 2011 году, то в описанной вами ситуации учет налога за предыдущие отчетные периоды следует корректировать в том случае, если после совершения оборота изменились обстоятельства, являющиеся основанием для возникновения налогового обязательства (например, товар на самом деле не покинул Эстонию).
Из вашего вопроса следует, что таможенные органы инициировали процедуру запроса по данной сделке, что означает, что после выпуска товара в экспортную декларацию не была поставлена пометка «экспортировано» (дополнительную информацию о данной процедуре можно найти по адресу http://www.emta.ee/public/toll/Valjumata_ekspordi_paring.pdf). Таким образом, исходя из этого запроса, вы должны подтвердить совершение экспортной операции в сроки, указанные в запросе. В ответе на запрос вы должны указать данные о вывозе товара и представить документы, необходимые для подтверждения экспорта. Если ваш ответ на запрос подтвердит совершение экспорта, то предыдущие отчетные периоды по НСО изменять не потребуется. В случае, если товар не был вывезен из Эстонии, то есть экспорта не было, то экспортную декларацию следует аннулировать и внести соответствующие исправления в декларации по НСО.