Согласно ч.1 § 10 Закона о налоге с оборота местом возникновения оборота является Эстония, если услуга оказывается через находящееся в Эстонии постоянное место деятельности лицу, которое не зарегистировано налогообязанным или ограниченным налогообязанным ни в одной из стран-членов Сообщества и не является занимающимся предпринимательством лицом, не входящим в Сообщество страны, за исключением случаев, указанных в чч. 2, 4 и 5 § 10 Закона о налоге с оборота).
Таким образом, в вашем случае счет ирландскому неналогообязанному следует выставить с эстонским налогом с оборота. Точнее о месте возникновения оборота и о налогообложении можно прочитать здесь: